రచయిత్రి: అనూ ఆచార్య, సీఈఓ, మ్యాప్మైజీనోమ్
భారతదేశానికి ఎక్కువ నమూనాలను క్రమబద్ధీకరించడం ఎందుకు అవసరం అనేదానికి 3 కారణాలు
సంక్రమణ వ్యాధులు వేర్వేరు జనాభాలో విభిన్నంగా వ్యాపిస్తాయని అధ్యయనాలు చూపించాయి. ఇది జన్యుపరమైన పూర్వస్థితిపై ఆధారపడి ఉంటుంది మరియు వివిధ క్లినికల్ ప్రెజెంటేషన్లలో ఫలితాలను ఇస్తుంది. భారతీయ నమూనాలలో ఉన్న వైరల్ జీనోమ్ మరియు సానుకూలంగా పరీక్షించిన వారి జీనోమ్ను క్రమబద్ధీకరించడం ద్వారా భారతదేశంలో SARS కోవ్-2 వ్యాప్తిని బాగా అర్థం చేసుకోవడానికి మాకు సహాయపడుతుంది. కింది మూడు కారణాలకు ఇది చాలా ముఖ్యం –
| 1. వైరల్ జీనోమ్ అంతటా ఉత్పరివర్తనలు జరుగుతున్నందున RT PCR పరీక్ష చెల్లుబాటు అవుతుందని నిర్ధారించుకోవడం. 2. వైరల్ నమూనా మూలం మరియు ఉత్పరివర్తనాన్ని కనుగొనడం, అవి భారతదేశం అంతటా ప్రజలకు సోకినప్పుడు, మేము సంక్రమణ రేట్లు/తీవ్రతను అంచనా వేయగలమా లేదా అని చూడటం. 3. SARS కోవ్-2 కోసం సానుకూలంగా పరీక్షించిన భారతీయ మానవ నమూనాల GWAS అధ్యయనం, వ్యాధిని అధిగమించడంలో సహాయపడే ఒక ధోరణి/గుర్తు ఉందో లేదో చూడటానికి మరియు భారతీయ జనాభాలో బాగా పనిచేసే ఏదైనా ఔషధం లేదా చికిత్సా నియమావళిని కూడా చూడటానికి. |
ఇంకా చదవండి: కోవిడ్ పరీక్షను పెంచడానికి భారతదేశం చేయగల 5 పనులు
RT PCR టెస్ట్ వాలిడిటీ.
బహుళ అధ్యయనాలు చూపించినట్లుగా, వైరల్ ఉత్పరివర్తనలు RT PCR పరీక్షల ఫలితాలను ప్రభావితం చేయగలవు. SARS కోవ్-2 వైరస్ కోసం RT PCR పరీక్షలు అత్యంత సాధారణ నిర్ధారణ పరీక్షలు. 2009లో మేము సృష్టించిన H1N1 టెస్ట్ కిట్ తో మా అనుభవంలో, భారతదేశంలో ఉపయోగించే ముందు ఇతర దేశాలు రూపొందించిన ప్రైమర్స్ మరియు ప్రోబ్స్ ను ధృవీకరించాలి. దీనికి కారణం, భారతీయ నమూనాలలో వైరల్ ఉత్పరివర్తనలు ఒక సవాలుగా ఉండవచ్చు మరియు పరీక్షకు ఆటంకం కలిగించవచ్చు మరియు తప్పుడు ఫలితాలను ఇవ్వవచ్చు. CDC కొత్త కరోనావైరస్, SARS కోవ్-2 ను గుర్తించడానికి ప్రైమర్స్ మరియు ప్రోబ్స్ ను విడుదల చేసింది. అవి 'N' జన్యువులోని మూడు విభిన్న ప్రాంతాలను విస్తరించడానికి/గుర్తించడానికి రూపొందించబడ్డాయి. RT-PCR లో ప్రైమర్స్ సుమారు 70 బేస్ ల ఉత్పత్తులను ఉత్పత్తి చేస్తే SARS కోవ్-2 కు నమూనా 'పాజిటివ్' అని పిలుస్తారు మరియు ఉత్పత్తులను ఉత్పత్తి చేయడంలో విఫలమైతే 'నెగటివ్' అని పిలుస్తారు. టెస్ట్ కిట్లు లేదా ప్రయోగశాలల కోసం రీజెంట్లను ప్రపంచవ్యాప్తంగా అందించే చాలా వాణిజ్య కంపెనీలు ప్రస్తుతం అనుసరిస్తున్న ప్రమాణం ఇది. పూణేలోని నేషనల్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ వైరాలజీ (NIV) నుండి డాక్టర్ వర్ష పోట్దార్ రెండు భారతీయ సీక్వెన్స్లను GISAID.org కు సమర్పించారు. కేరళలో జనవరిలో గుర్తించిన కేసుల నుండి రెండు భారతీయ నమూనాలు వచ్చాయి. సమర్పించిన ఈ రెండు నమూనాలలో ఏడు ఉత్పరివర్తనలు కనుగొనబడ్డాయి.
CDC ప్రైమర్ మరియు ప్రోబ్ సెట్లను ఉపయోగించినప్పుడు ఈ ఉత్పరివర్తనలు RT-PCR ప్రతిచర్యకు ఆటంకం కలిగిస్తాయో లేదో తెలుసుకోవడానికి మేము బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ శోధనను అమలు చేశాము. PCR ప్రతిచర్యలో విస్తరించబడిన ప్రాంతాలపై ఈ ఉత్పరివర్తనలు ఎటువంటి ప్రభావాన్ని చూపలేదని మేము గమనించాము. ఈ ఉత్పరివర్తనలు విస్తరించబడుతున్న వాస్తవ ప్రాంతాలకు చాలా అప్స్ట్రీమ్లో ఉన్నాయి మరియు అవి SARS కోవ్-2 విస్తరణ/గుర్తింపుకు ఆటంకం కలిగించవు.
ఏవైనా ఉత్పరివర్తనలు ప్రైమర్స్ మరియు ప్రోబ్స్ ప్రాంతాలకు ఆటంకం కలిగిస్తున్నాయో లేదో మరియు PCR ప్రక్రియకు ఆటంకం కలిగిస్తున్నాయో లేదో మేము తనిఖీ చేస్తూ ఉండాలి. అలా చేస్తే, మేము ప్రైమర్స్ మరియు ప్రోబ్స్ను పునఃరూపకల్పన చేయాలి, తద్వారా ప్రతిచర్య తప్పుడు నెగటివ్ను ఇవ్వదు, ఇది COVID 19 వ్యాప్తిని నియంత్రించడంలో విపత్తు కావచ్చు. ఆమోదించబడిన ప్రతి కిట్ లేదా రీజెంట్ ICMR సైట్లో లేదా ఆమోదం ఇచ్చే ఏదైనా ఏజెన్సీ సైట్లో వారి ప్రైమర్స్ మరియు ప్రోబ్స్ను ప్రచురించాలి. మరియు ఈ పరీక్షలు ప్రభావవంతంగా ఉన్నాయని మాకు తెలుసు కాబట్టి భారతదేశంలో పాజిటివ్గా పరీక్షించిన మరిన్ని నమూనాలకు మేము సీక్వెన్సింగ్ చేస్తూ ఉండాలి.
ఇది కూడా చదవండి: రోగనిరోధక వ్యవస్థ యోధులు: GAMED ప్రతిరోధకాలు
వైరల్ ఉత్పరివర్తనాన్ని అంచనా వేయండి
GISAID సైట్కు క్రమబద్ధీకరించబడి మరియు సమర్పించిన రెండు భారతీయ నమూనాలు కేరళ నుండి సానుకూలంగా గుర్తించబడిన మొదటి రెండు నమూనాలలో ఒకటి. వారికి వూహాన్కు ప్రయాణ చరిత్ర ఉంది మరియు ఆ నమూనాల్లోని ఉత్పరివర్తనల గురించి మేము ఎటువంటి నిర్ధారణలకు రాలేము, ఎందుకంటే ప్రపంచవ్యాప్తంగా వచ్చిన ఇతర భారతీయ నమూనాలు క్రమబద్ధీకరించబడలేదు (లేదా కనీసం ప్రచురించబడలేదు).
IGIB నుండి డాక్టర్ దినేష్ గుప్తా మరియు ఇతరులు ప్రపంచవ్యాప్తంగా (ఇటలీ, USA, వూహాన్, నేపాల్) నుండి నాలుగు ఇతర నమూనాలతో ఒక భారతీయ నమూనాని విశ్లేషించే ఒక పత్రాన్ని ప్రచురించారు. వైరల్ జీనోమ్ యొక్క స్పైక్ ప్రోటీన్-వ్యక్తపరిచే భాగంలో ఒక ఉత్పరివర్తనం కనిపించిందని సహా భారతీయ నమూనాకు సంబంధించి ముఖ్యమైన సమాచారాన్ని వారు సేకరించగలిగారు. మరిన్ని నమూనా క్రమబద్ధీకరణ లేకుండా ఖచ్చితంగా ఏమీ చెప్పలేనప్పటికీ, భారతీయ జనాభాలో వైరస్ యొక్క వివిధ రకాల జాతులను అర్థం చేసుకోవడానికి ఇది ఒక మంచి ప్రారంభ స్థానం.
తరువాతి పాజిటివ్ నమూనాలు ఇటలీ, ఇరాన్, దుబాయ్ మరియు US తో సహా ప్రపంచం నలుమూలల నుండి వచ్చాయి. దీని అర్థం భారతదేశంలో ప్రస్తుతం వివిధ వనరుల నుండి వైరస్ యొక్క వివిధ జాతులు ఉన్నాయి. అందువల్ల వైరల్ జీనోమ్లో ఏవైనా ఉత్పరివర్తనలను అర్థం చేసుకోవడానికి ఆ నమూనాలను క్రమబద్ధీకరించడం చాలా ముఖ్యం మరియు ఒక నమూనా ఆధారంగా ఎటువంటి నిర్ధారణలకు రాకూడదు. ఒకసారి మేము వైరల్ జీనోమ్ను క్రమబద్ధీకరించి, అర్థం చేసుకున్న తర్వాత మేము వివిధ ఉత్పరివర్తనల సంక్రమణ రేట్లను కూడా గుర్తించవచ్చు మరియు దేశవ్యాప్తంగా వివిధ సమూహాలను బాగా అర్థం చేసుకోవచ్చు. ఇది అనుకూలీకరించిన చికిత్సా ప్రోటోకాల్లను ఏర్పాటు చేయడంలో సహాయపడుతుంది.
భారతీయ మానవ నమూనల GWAS
SARS కోవ్-2 కి పాజిటివ్గా పరీక్షించబడిన భారతీయ మానవ నమూనల జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ స్టడీస్ (GWAS) వ్యాధికి జన్యుపరమైన ప్రవృత్తి గురించి మనకు అవగాహన కల్పిస్తుంది. జన్యుపరమైన ప్రవృత్తిని బాగా అర్థం చేసుకోవడం నివారణ మరియు చికిత్సా వ్యూహాలను అందించగలదు, ప్రత్యేకించి ఒక తెలియని వైరస్ పై మహమ్మారి సమయంలో వ్యక్తిగతీకరించిన చికిత్సకు ఇది ఒక ముఖ్యమైన అంశం.
మ్యాప్మైజీనోమ్ వద్ద, మేము మా మొత్తం కస్టమర్ డేటాబేస్ను విశ్లేషించాము మరియు మా కస్టమర్లకు వారి సంక్రమణ ప్రమాదం, సంక్రమణ తీవ్రత, వారు సోకినట్లయితే వారి ఔషధ ప్రతిస్పందన మరియు వారి రోగనిరోధక శక్తి ప్రొఫైల్ను అర్థం చేసుకోవడానికి సహాయపడే నివేదికలను రూపొందించాము. ఔషధ విషప్రభావం మరియు జన్యు మార్కర్ల నుండి ప్రతిస్పందనను అంచనా వేసే సామర్థ్యం, ఫార్మాకోజెనోమిక్స్ బాగా అధ్యయనం చేయబడింది మరియు భారతీయ రోగులకు సహాయపడగలదు, ప్రత్యేకించి ఇది ఒక నవల వ్యాధి అయినందున హైడ్రాక్సీక్లోరోక్విన్ నుండి యాంటీవైరల్స్ వరకు వివిధ ఔషధాలు రోగులలో ప్రయత్నించబడుతున్న పరిస్థితిలో. ఫార్మాకోజెనోమిక్స్ ప్రొఫైల్ ఉన్న రోగులకు చికిత్స చేయడం సులభం అవుతుంది, ఎందుకంటే వారి ఔషధ ప్రతిస్పందన మరియు విషప్రభావ ప్రొఫైల్ ఇప్పటికే తెలుసు.
జన్యుపరమైన కారకాలు మన రక్షణాత్మక రోగనిరోధక శక్తి, నాడీ మరియు ఎండోక్రైన్ వ్యవస్థల క్రియాత్మక స్థితులు, పోషక స్థితి, మానసిక కారకాలు, వయస్సు, లింగం మొదలైన వాటికి ఆధారంగా ఉంటాయి. మానవ MHC లేదా HLA వ్యవస్థను SARS కోవ్-2 కు వ్యతిరేకంగా భారతీయ జనాభాకు ప్రత్యేకమైన 'రోగనిరోధక జన్యువులు' ఏవైనా ఉన్నాయో లేదో అర్థం చేసుకోవడానికి అధ్యయనం చేయవచ్చు.
NIBMG, IGIB, CCamp మరియు CCMB వంటి సంస్థలు పెద్ద ఎత్తున జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ అధ్యయనాలను చేయడానికి బాగా సన్నద్ధమై ఉన్నాయి. మ్యాప్మైజీనోమ్ మరియు ఇతర ప్రైవేట్ రంగ కంపెనీలు కూడా సహాయపడగలవు. మార్కర్లలో ఏవైనా తేడాలు భారతీయులకు సహాయపడగలవా లేదా హాని కలిగించగలవా అని చూడటానికి భారతీయ మరియు ఇతర దేశాల నమూనాల మధ్య తేడాలను అర్థం చేసుకోవడానికి కూడా ఇది మాకు సామర్థ్యాన్ని ఇస్తుంది.
ఇది కూడా చదవండి: కోవిడ్: పరీక్షించాలా వద్దా, అదే ప్రశ్న?
ముగింపు
పై కారణాలను పరిగణనలోకి తీసుకుంటే, భారతీయ పాజిటివ్ నమూనాలలో వైరల్ జీనోమ్లను మరియు మానవ నమూనలను కూడా క్రమబద్ధీకరించడానికి మనం త్వరగా ఒక వ్యవస్థను అభివృద్ధి చేయాలి. దీని నుండి మనం పొందగలిగే ఏదైనా సమాచారం చికిత్సను వ్యక్తిగతీకరించడానికి, జాతుల ఆధారంగా సమూహాలను వేరు చేయడానికి మరియు భారతీయ జనాభాలో బాగా పనిచేసే మందుల గురించి వైద్యులకు సలహా ఇవ్వడానికి సహాయపడుతుంది. ఈ మహమ్మారి వలన ఎదురైన పరీక్ష మరియు చికిత్స సవాళ్లపై ICMR చేసిన అద్భుతమైన పనికి సమానంగా ఈ సవాలును స్వీకరించడానికి బయోటెక్ పరిశ్రమ మరియు అకాడమిక్ ల్యాబ్లు బాగా సన్నద్ధమై ఉన్నాయి.
ఇది జాతీయ అత్యవసర పరిస్థితి కాబట్టి, ప్రతి వారం అన్ని సీక్వెన్స్లను బహిరంగంగా ప్రచురించడం చాలా అవసరం, తద్వారా ప్రతి ఒక్కరూ సహకరించగలరు. మనం అందరం కలిసి ఉన్నాము. కలిసి మనం కోవిడ్తో పోరాడవచ్చు.
కోవిడ్ సిరీస్
- కోవిడ్ బ్లాగుల సిరీస్
- మన కాలపు మహమ్మారి
- కోవిడ్ నుండి మిమ్మల్ని మీరు రక్షించుకోవడానికి 10 మార్గాలు
- ఆసక్తిగల పాఠకుల కోసం కోవిడ్ వెనుక ఉన్న శాస్త్రం
- పరీక్షించాలా వద్దా, అదే ప్రశ్న?
- భారతదేశంలో కోవిడ్ పరీక్షను ఎలా పెంచాలి
- మ్యాప్మైజీనోమ్ ద్వారా కోవిడ్ పై ప్రమాదం మరియు రోగనిరోధక శక్తి నివేదిక
- రోగనిరోధక వ్యవస్థ యోధులు: GAMED ప్రతిరోధకాలు
- సీక్వెన్స్! సీక్వెన్స్!సీక్వెన్స్
- పరీక్షించాలా?
- కోవిడ్: పురోగతిలో ఉన్న మందులు మరియు టీకాల ప్రాథమిక అంశాలు
